Bệnh viện khởi công hồi tháng 6/2016, diện tích xây dựng gần 5,6 ha tại đường 400, ấp Cây Dầu, phường Tân Phú, quận 9, TP HCM. Điểm nhấn là khối nhà chính cao 10 tầng, hai tầng hầm, có sân đỗ trực thăng cấp cứu trên nóc nhà. Sau hơn bốn năm xây dựng, công trình bắt đầu bàn giao từng phần cho bệnh viện.
Theo lộ trình, Bệnh viện Ung bướu cơ sở 2 vận hành từng giai đoạn. Từ ngày 2/10, khu khám bệnh, khoa cấp cứu bắt đầu tiếp nhận bệnh nhân khám mới, tái khám. Đầu năm 2021, khu điều trị ngoại trú, xạ trị gia tốc hoạt động. Dự kiến khoảng 6 tháng sau, các khoa nội trú và phòng chức năng còn lại sẽ vận hành toàn bộ.